Игрок станет сталкером - охотником за "артефактами", излучающими аномальную энергию Зоны. По мере прохождения игры он побывает в Мертвом Лесу, городах Припять и Чернобыль, проникнет внутрь саркофага Чернобыльской АЭС, пройдет по реально существующим местам в эпицентре произошедшей трагедии. Возвращаясь из полыхающей радиацией Зоны игрок будет продавать добытые аномальные образования подпольным торговцам и ученым в научных лагерях на границе Зоны. За полученные деньги игрок будет покупать аппаратуру, оружие и защитные скафандры, которые позволят проникать в ранее недоступные области.

Игра создана как предупреждение перед опасностью неосторожного обращения с силами природы.

Предыстория "S.T.A.L.K.E.R." выстроена, как гипотеза реальных событий произошедших в восьмидесятые годы прошлого века. Тогда в Чернобыле функционировала огромная антенна, излучение которой было признано некоторыми специалистами, как психоактивное. На некоторых фотографиях, сделанных во время поездки в Чернобыль, конструкция антенны видна на горизонте. По неподтвержденным слухам, излучение было направлено на Западную Европу - проводился многолетний военный эксперимент по психотропному воздействию на психику людей. Это полудокументальные слухи и факты. Вокруг подобных экспериментов и вертится сюжет " S.T.A.L.K.E.R." - здесь есть место и теории заговора, и противостояние спецслужб. В нашей игре мы как бы додумываем то, что и в самом деле могло произойти. Это история о пост-ядерном мире со своими законами и персонажами.